Gegenstand der Systemakkreditierung ist die Begutachtung des internen Qualitätssicherungssystems einer deutschen Hochschule (oder einer oder mehrerer ihrer Teileinheiten) im Bereich von Studium und Lehre. Im Wesentlichen wird geprüft, ob das vorhandene Qualitätssicherungssystem das Erreichen der Qualifikationsziele und Qualitätsstandards der angebotenen Studiengänge sicherstellen kann. 'European Standards and Guidelines for Quality Assurance in Higher Education (ESG)' sowie die Vorgaben der Kultusministerkonferenz (KMK) und die Kriterien des Akkreditierungsrates finden im Verfahren der Systemakkreditierung ebenfalls Anwendung.

Bei einer erfolgreichen Systemakkreditierung sind zugleich alle aktuell angebotenen oder während der Laufzeit der Akkreditierungsfrist neu eingerichteten Studiengänge akkreditiert.