Ziel der Systemakkreditierung ist es, die personellen und finanziellen Belastungen der Hochschulen durch die ansonsten notwendige Akkreditierung ihrer Studiengänge zu senken. Sie unterstützt die Hochschulen ferner bei der Weiterentwicklung der internen Qualitätssicherung, da sie das Qualitätsmanagementsystem der Hochschule bzw. der Fakultät, des Fachbereichs etc. nicht punktuell mit Bezug auf einzelne Studiengänge prüft, sondern als Ganzes in den Blick nimmt.

Die Vorgaben für eine erfolgreiche Systemakkreditierung legen die Maßstäbe für die erforderliche Qualität des internen Qualitätsmanagementsystems an. Sie geben jedoch keine Struktur vor und gewähren der Hochschule damit die Möglichkeit der eigenständigen Gestaltung ihres Qualitätsmanagementsystems.